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- 序與圖
- 本草綱目序
- 輯書姓氏
- 本草綱目附圖卷之上
- 本草綱目附圖卷之下
- 第一卷
- 序例上
- 第二卷
- 序例下
- 第三卷
- 百病主治藥上
- 第四卷
- 百病主治藥下
- 第五卷 水部二類
- 水之一 天水類一十三種
- 水之二 地水類三十種
- 第六卷 火部一類
- 火之一 凡一十一種
- 第七卷 土部一類
- 土之一 凡六十一種
- 第八卷 金石部四類
- 金石之一 金類二十八種
- 石之二 玉類一十四種
- 第九卷 石部二
- 石之三 石類上三十二種
- 第十卷 石部三
- 石之四 石類下四十種
- 第十一卷 石部四
- 石之五 鹵石類二十種 附錄二十七種
- 第十二卷 草部一十類
- 草之一 山草類上三十一種
- 第十三卷 草部二
- 草之二 山草類下三十九種
- 第十四卷 草部三
- 草之三 芳草類五十六種
- 第十五卷 草部四
- 草之四 隰草類上五十三種
- 第十六卷 草部五
- 草之五 隰草類下七十三種
- 第十七卷 草部六
- 草之六 毒草類四十七種
- 第十八卷 草部七
- 草之七 蔓草類七十三種 附錄一十九種
- 第十九卷 草部八
- 草之八 水草類二十三種
- 第二十卷 草部九
- 草之九 石草類一十九種
- 第二十一卷 草部十
- 草之十 苔類一十六種
- 草之十一 雜草類九種 有名未用一百五十三種
- 第二十二卷 穀部四類
- 穀之一 麻麥稻類一十二種
- 第二十三卷 穀部二
- 穀之二 稷粟類一十八種
- 第二十四卷 穀部三
- 穀之三 菽豆類一十四種
- 第二十五卷 穀部四
- 穀之四 造釀類二十九種
- 第二十六卷 菜部五類
- 菜之一 葷辛類三十二種
- 第二十七卷 菜部二
- 菜之二 柔滑類四十一種
- 第二十八卷 菜部三
- 菜之三 蓏菜類一十一種
- 菜之四 水菜類六種
- 菜之五 芝栭類一十五種
- 第二十九卷 果部六類
- 果之一 五果類一十一種
- 第三十卷 果部二
- 果之二 山果類三十四種
- 第三十一卷 果部三
- 果之三 夷果類三十一種
- 第三十二卷 果部四
- 果之四 味類一十三種
- 第三十三卷 果部五
- 果之五 蓏類九種
- 果之六 水果類六種 附錄二十三種
- 第三十四卷 木部六類
- 木之一 香木類三十五種
- 第三十五卷 木部二
- 木之二 喬木類五十二種
- 第三十六卷 木部三
- 木之三 灌木類五十一種
- 第三十七卷 木部四
- 木之四 寓木類一十二種
- 木之五 苞木類四種
- 木之六 雜木類七種 附錄十九種
- 第三十八卷 服器部二類
- 服器之一 服帛類二十五種
- 服器之二 器物類五十四種
- 第三十九卷 蟲部三類
- 蟲之一 卵生類上二十三種
- 第四十卷 蟲部二
- 蟲之二 卵生類下二十二種
- 第四十一卷 蟲部三
- 蟲之三 化生類三十一種
- 第四十二卷 蟲部四
- 蟲之四 濕生類二十三種 附錄七種
- 第四十三卷 鱗部四類
- 鱗之一 龍類九種
- 鱗之二 蛇類一十七種
- 第四十四卷 鱗部二
- 鱗之三 魚類三十一種
- 鱗之四 無鱗魚類二十八種 附錄九種
- 第四十五卷 介部二類
- 介之一 龜鱉類一十七種
- 第四十六卷 介部二
- 介之二 蚌蛤類二十九種
- 第四十七卷 禽部四類
- 禽之一 水禽類二十三種
- 第四十八卷 禽部二
- 禽之二 原禽類二十三種
- 第四十九卷 禽部三
- 禽之三 林禽類一十七種
- 禽之四 山禽類一十三種 附錄一種
- 第五十卷 獸部五類
- 獸之一 畜類二十八種
- 第五十一卷 獸部二
- 獸之二 獸類三十八種
- 獸之三 鼠類一十二種
- 獸之四 寓類、怪類共八種
- 第五十二卷 人部一類
- 人之一 凡三十五種 附錄二條
本草綱目總目
右通計一十六部六十類一千八百九十七種